René Descartes had, net als Bacon, scherpe kritiek op de scholastieke erfenis van de Middeleeuwen en de Renaissance.

In zijn begrip van het experiment was hij veel beter dan Bacon. Maar Descartes’ benadering van filosofische problemen is in vele opzichten fundamenteel verschillend van die van Bacon. Descartes is zeer sterk in de wiskunde, niet in de laatste plaats, moet men aannemen, door zijn neiging om generalisaties te ontwikkelen van een maximaal universeel filosofisch karakter. Descartes vergelijkt de filosofie met de wortel van de boom der wetenschap, met de natuurkunde als stam en de toegepaste wetenschappen als haar takken. Laten we achtereenvolgens de hoofdpunten van Descartes’ filosofie reconstrueren.

Descartes’ filosofische scherpzinnigheid vereist van hem allereerst dat hij de geldigheid van kennis rechtvaardigt. Hij is maar al te bekend met de argumenten van de sceptici op dit punt. Descartes zelf maakt graag gebruik van de sterke punten van het scepticisme, zodat hij meent dat methodische twijfel niet alleen gepast is, maar in het algemeen een doeltreffende techniek in wetenschappelijk onderzoek. Descartes laat het echter niet bij methodische twijfel, hij zoekt naar een basis voor de geldigheid van kennis. Descartes’ eenvoudige baconiaanse bewering over de geldigheid van het experiment komt hem, om de reeds genoemde redenen, niet goed uit. De zoektocht is niet in het rijk van het experiment, maar elders. Waar? In het domein van het menselijk intellect, meer bepaald, gezien de onbetrouwbaarheid van zintuiglijke waarnemingen, in de menselijke geest, in zijn geest. Maar voordat wij ons tot het menselijk intellect wenden, is er een dringende filosofische noodzaak om ons te wenden tot de mens, de drager van dat intellect. Vandaar het beroemde Cartesiaanse: ‘Ik denk, dus ik besta’. De basis voor alle geldigheid van oordelen is het bestaan van een reflecterend subject. Het centrum en tegelijk het uitgangspunt van de New Age filosofie is het reflecterende subject. Vanuit het beginsel van de absolute persoon van de Middeleeuwen en het beginsel van de zinnelijk-materiële persoon van de Renaissance, kwam de New Age filosofie tot het concept van de denkende persoon.

Dus het begin van de Cartesiaanse filosofie is dit nieuwe concept. Zelfs de scepticus moet het feit aanvaarden dat hij zelf een redenerend mens is. In het subject zelf is de basis van de geldigheid van kennis het verstand. Wat voor geest? Duidelijk niet het soort dat de neiging heeft om verstrikt te raken in het net van ongenuanceerde redeneringen. Wij hebben het over een geest die helder, duidelijk en aandachtig is, in staat om alle stappen van de voortdurende deductie te doorlopen, kortgesloten door experimentele feiten. Bijzondere aandacht moet worden besteed aan het beginpunt van de aftrekketen. Het begin van deductie is intellectuele intuïtie. Intellectuele intuïtie werkt als een rechtstreeks, direct, rationeel begrip van de essentie van de materie. Natuurlijk moet ook aan de geldigheid van deze intuïtie worden getwijfeld, maar deze twijfel wordt geketend, omdat de inhoud van de intuïtie wordt opgehelderd in het proces van met succes uitgevoerde deductie (beweging van het algemene naar het bijzondere) en het gebruik van de overeenkomstige kennis in de praktijk en het experiment. Descartes’ methode omvat: 1) alleen datgene als waar te erkennen wat met de grootst mogelijke vanzelfsprekendheid en onderscheidbaarheid kan worden waargenomen; 2) de eenvoudigst mogelijke elementen van kennis af te zonderen; 3) van het eenvoudige op te klimmen naar het complexe.

Door de menselijke geest te isoleren en te scheiden van het gehele lichaam, postuleert Descartes het bestaan van twee substanties: materiële (lichamelijke) en geestelijke, waarvan de voornaamste attributen volgens Descartes respectievelijk de uitgebreidheid en het denken zijn. De overeenstemming van de stoffen met elkaar wordt verklaard door de aanwezigheid van God. Descartes heeft twee substanties, hetgeen goed overeenkomt met de stand van de wetenschap in de 17e eeuw, toen de inwendige heterogeniteit van respectievelijk materiële en geestelijke verschijnselen vrijwel onbekend was. Er waren nog niet voldoende redenen om bijvoorbeeld natuurkundige en scheikundige verschijnselen van elkaar te scheiden. Daarom spreekt Descartes van één enkele stoffelijke substantie, waarvan het voornaamste onmisbare attribuut niet de tijd is, maar de uitgebreidheid, die overeenkomt met de geometrische neigingen van de tijd van de filosoof. De geestelijke wereld van de mens in de zeventiende eeuw werd op een vereenvoudigde manier gekarakteriseerd. Maar positief is het feit dat men duidelijk de uniciteit ervan inzag en daarmee de beperkingen van het hylozoïsme, dat in het tijdperk van G. Bruno zeer populair was, overwon.

De hoofdlijnen van Descartes’ filosofie zijn dus als volgt:
De werkelijkheid van het denkende subject als uitgangspunt van de filosofie nemend.
Het principe van methodische twijfel; intellectuele intuïtie en deductie volgen daarop.
Het verdelen van het bestudeerde fenomeen in zijn samenstellende, minieme delen.
Opklimmend van eenvoudig naar complex.
Het zoeken naar rationele orde in alle dingen.
Ontwikkeling van het begrip “aangeboren ideeën”.
Dualiteit: de voorstelling van de wereld als bestaande uit twee substanties.